Bischof Otto von Freising errichtete 1142 vor den Toren Freisings das Prämonstratenserkloster Neustift. Der Ort besaß durch zwei bestehende Kirchen und ein Spital eine kirchliche Tradition. Nach Bränden und Zerstörungen bauten die Chorherren Klostergebäude und Kreuzgang als eindrucksvolle Vierflügelanlage neu. Anfang des 17. Jahrhunderts kam das Bibliotheksgebäude dazu. Im Jahre 1700 wurde der Architekt Giovanni Antonio Viscardi beauftragt, eine neue Kirche zu erbauen, die 1722 geweiht wurde. Im Zuge der Säkularisastion 1803 wurde das Kloster aufgelöst und bis 1905 als Kaserne, dann als Tuchfabrik genutzt. Die Kirche wurde 1892 zur Pfarrkirche bestimmt. Seit 1986 befindet sich das Freisinger Landratsamt im Gebäude.
Die Viscardi-Kirche wurde 1751 durch einen Brand schwer beschädigt und danach erneuert. Für die Neuausstattung waren drei bedeutende bayerische Künstler verantwortlich. Der Maler Johann Baptist Zimmermann (1680-1758) freskierte die Deckengewölbe mit farbenprächtigen Szenen. Der Stuckateur Franz Xaver Feichtmayr (1735-1803) fertigte phantasievollen Stuckarbeiten an und der Bildhauers Ignaz Günther (1725-1775) schuf Hochaltar, Chorgestühl und die östlichen Seitenaltäre.
